En la pestaña Grabador de pantalla, poné Ffmpeg como método de captura y elegí la fuente de audio que quieras grabar (por ejemplo "virtual-audio-capturer").
En la línea de comandos adicional , poné esto: -f dshow -i audio="Nomre del microfono" -filter_complex amix=inputs=2:duration=longest
Podés encontrar el nombre de tu micrófono cambiando la lista de fuentes de audio y copiando lo que sale en los comandos.